Древнейшая история
По берегам прародителя литовских рек Нямунаса издревле селились балтийские племена. Позднее здесь вознеслись оборонительные замки, защищавшие литовское государство от крестоносцев. Полагают, что на территории замка Панямуне могло располагаться поместье великого князя Литовского Витяниса, а небольшие холмы в замковом парке могут быть местами захоронения князя и его жены.
Период правления рода Эперьеши, длившийся около 150 лет
В 1597 г. владелец Панямунского поместья жемайтский подкоморий Станисловас Станкявичюс-Билявичюс продал поместье венгерскому вельможе, торговцу древесиной Йонушу Эперьешу. По его инициативе на берегу Нямунаса был построен жилой каменный замок. Замок спроектировал архитектор голландского происхождения Пятрас Нонхартас.
С XVIII века до наших дней
В 1759 г. замок отошел во владение вельможи Великого княжества Литовского Антанаса Гелгаудаса, и некоторое время его называли замком Гелгаудасов. В 1783 г. после реконструкции, проведенной Антанасом Гелгаудасом, замок Панямуне приобрел черты классицистического стиля и стал роскошной резиденцией семьи Гелгаудасов. После смерти А. Гелгаудаса замок достался его сыну Миколасу Гелгаудасу, а в 1828 г. – его жене Элеоноре Гелгаудене и детям Антанасу и Йонасу. Оба брата принимали активное участие в восстании 1831 г. Антанас Гелгаудас стал верховным руководителем восстания в Литве и погиб в бою, а его брат перебрался в Пруссию. Оба были признаны государственными преступниками, их замок разорили, а в 1832 г. он перешел в собственность царских властей. В 1925 г. Панямунский замок стал собственностью Литовского государства. В 1939-ом и последующие годы в замке проходили работы по консервации и реставрации объекта. В 1961 г. замок внесли в список памятников архитектуры Литвы. С 1982 г. Панямунский замок принадлежит Вильнюсской художественной академии.