Baisogalos dvaras žinomas jau nuo XVI a. To laikotarpio rašytiniuose šaltiniuose jis minimas kaip karališkasis dvaras. 1666 m., karaliaus Jono Kazimiero leidimu, Baisogala išnuomota Horbovskiui, vėliau ją valdė didikai Suchodolskiai. 1796 m. pagal caro Pavelo I paskriptą Baisogalą visam laikui paveldėjo kunigaikštis Juzefas Poniatovskis. Vėliau dvarą pardavė maršalkai Vojcechui Puslovskiui. Po V. Puslovskio mirties jo palikuonys, dvarą pardavė Eustachijui Chrapovickiui. Iš jo apie 1930 m. dvarą nupirko buvęs imperatoriaus Napoleono Bonaparto armijos pulkininkas, Raguvėlės ir Palėvenės dvaro savininkas Juozapas Komaras. Iš pastarojo dvarą su aštuoniais palivarkais paveldėjo sūnus, Panevėžio pavieto bajorų maršalka Vladislovas Komaras. Po vedybų su Kotryna Zajančkovska jis nuolat rezidavo Baisogaloje. Po V. Komaro mirties dvaras perėjo vyriausiajam sūnui iš antrosios santuokos, irgi Vladislovui. Vladislovas Komaras buvo paskutinysis dvaro savininkas, valdęs jį iki 1940 m. nacionalizacijos.
Lietuvos valstybei atkūrus nepriklausomybę ir vykdant Žemės reformą, didžioji dalis Baisogalos dvaro žemių buvo nusavinta, tačiau vėliau, 1927 m., Lietuvos vyriausybė, atsižvelgdama į tai, kad V. Komaro dvare iki Pirmojo pasaulinio karo veikė gerai tvarkoma veislinių gyvulių bandymo stotis, leido V. Komarui lengvatinėmis sąlygomis išsinuomoti iš valstybės iki 1000 ha dirbamos žemės, kad ir toliau būtų plėtojamas veislinių gyvulių auginimas. V. Komaras, sumaniai naudodamas pažangius agronomijos mokslo metodus, savo dvarą pavertė pavyzdiniu, reprezentaciniu ūkiu.
Sovietų Sąjungai aneksavus Lietuvą 1940 m. V. Komaras buvo areštuotas ir ištremtas į Sibirą. 1941 m. ten ir mirė. Dvarininko šeima spėjo emigruoti į Lenkiją. Po Antrojo pasaulinio karo dvaro rūmuose buvo įkurta progimnazija, vėliau vidurinė mokykla. Vidurinei mokyklai išsikėlus, dvare įsikūrė Lietuvos gyvulininkystės ir veterinarijos mokslinio tyrimo institutas, kuris dvaro ansamblį valdo iki šiol. Šiuo metu dvaro pastatai pritaikyti administracinėms ir mokslinių tyrimų reikmėms.
Tyrinėtojai nesutaria, kada buvo pradėti statyti dabartiniai mūriniai Baisogalos dvaro rūmai. Manoma, kad rūmų statybos pradžia reikėtų laikyti XVIII a. antrąją pusę. Dvaro rūmų architektūros formoms būdinga ampyro stilistika. Rūmai yra dviaukščiai, fasadai griežtos simetriškos struktūros. Į stačiakampį su rizalitais kraštuose korpusą įsirėžia lėkštu kupolu dengta rotonda. Ji statyta kaip parko pusės iškyša, bet, atsiradus priestatams, į rotondą perkeltas pagrindinis įėjimas ir vestibiulis.
Rūmų vidaus struktūra nutolusi nuo klasicizmo: išplanavimas painus, asimetriškas, laiptai yra šone, neakcentuoti. Pirmojo aukšto akcentas – rotondinis vestibiulis, šalia jo – erdvus fojė. Šio aukšto patalpos daugiausia buvo skirtos administraciniams ir ūkio poreikiams. Reprezentacinės patalpos išdėstytos antrajame aukšte – rotondinė šokių salė, valgomasis, svetainė. Rūmuose buvo negausi biblioteka ir archyvas.
Dvaro ansamblį sudaro 17 pastatų. Gyvenamąją sodybos dalį sudaro rūmai ir šalia jų išsidėsčiusios dvi vienaaukštės klasicizmo stiliaus oficinos. Pietinė oficina kartu su arklide pusrūsyje tarnavo kaip butai. Šalia jos vėliau buvo pastatyta oranžerija. Šiaurinė oficina buvo naudojama kaip virtuvė. Nuo miestelio pusės į dvarą vedė plati kaštonų alėja. Įvairūs ūkiniai pastatai išsidėstę parko pakraštyje – daugiausia šiaurės pusėje. Ūkinių pastatų struktūroje yra ir neogotikos elementų – ledainės, aštuoniakampio kepurinio vėjo malūno, šulinio fasaduose.
Baisogalos dvaras formavosi 3 etapais. Pirmasis iki 1830 m., tuomet buvo suformuota centrinė dvaro sodybos dalis (rūmai, šiaurinė ir pietinė oficinos, pagrindinis kelių tinklas). Antrasis 1830 – 1896 m., per kurį dvaro teritorija išplečiama, įveisiamas parkas, praplečiami rūmai, pastatoma ledainė, kumetynas, vėjo malūnas, formuojamas gamybinis sektorius. Trečiajame etape 1896 – 1912 m., toliau vystoma gyvenamoji reprezentacinė zona.
Manoma, jog romantizmo stiliaus peizažinis parkas įkurtas XIX a pirmojoje pusėje. Lygioje vietovėje iškasti tvenkiniai, perkasai, laisvai susodintos želdinių grupės. Didžioji parko dalis koncentruojasi vakarinėje pusėje. Čia parką skaido vingiuojančių takų tinklas. Parke, be tradicinių medžių, augo ir raudonieji bukai, tujos, akacijos.
Baisogalos dvaras yra vertingas XIX–XX a. architektūros ansamblis su išraiškingu peizažiniu parku. Tai vienas didžiausių, kompoziciškai brandžiausių ir vertingiausių tokios rūšies paminklų Lietuvoje.
1956 m. į dvarą buvo perkeltas ir iki šiol veikia Gyvulininkystės institutas. Šiuo metu Gyvulininkystės institutas yra Lietuvos sveikatos mokslų universiteto struktūroje. Čia atliekami moksliniai tyrimai, susiję su gyvulių veislių gerinimu, selekcijos metodų tobulinimu, gyvūnų mitybos ir produkcijos kokybės tobulinimu bei gyvūnų gerovės ir gyvulininkystės poveikio aplinkai analize. Institute saugomas ir tiriamas istorinis gyvulininkystės mokslo palikimas - Lietuvos nykstančių ūkinių gyvūnų veislės (Žemaitukų arklių, šėmųjų ir baltnugarių bei žalųjų ir juodmargių galvijų, vietinių ir Lietuvos baltųjų kiaulių, šiurkščiavilnių avių, vištinių žąsų ir vietinių ožkų).